E' normale che in guerra non si vada molto per il sottile. Così, la CIA contattò alcuni importanti boss mafiosi italo-americani in carcere negli Stati Uniti, e gli offrì un patto: la libertà in cambio di un appoggio al momento dello sbarco. Fu ciò che avvenne: alla fine della guerra molti mafiosi americani furono liberati ed espulsi dagli Stati Uniti come "indesiderabili", con il tacito accordo che sarebbero tornati in Italia. I casi più noti riguardarono i boss Lucky Luciano e Vito Genovese, il quale prestò addirittura servizio per il quartier generale alleato di Nola.

Contemporaneamente, gli Alleati affidarono molte cariche, nel governo provvisorio della Sicilia dopo lo sbarco, a noti mafiosi: Calogero Vizzini fu nominato sindaco di Villalba, Giuseppe Genco Russo divenne sindaco di Musumeli, Vincenzo Di Carlo fu nominato responsabile dell'Ufficio per la requisizione del grano, ecc. Ciò diede nuova e sicura autorità ai mafiosi, oltre a concrete possibilità di arricchimento e di accrescimento del loro potere.

In questo periodo, la mafia cercò di organizzare la sua presenza, anche politica, in Sicilia, contribuendo alla nascita del Movimento Indipendentista Siciliano (MIS), formazione politica che si prefiggeva l'indipendenza della Sicilia dal resto d'Italia e, in alcuni momenti, persino la stramba idea di far aderire la Sicilia agli Stati Uniti.

Il MIS non fu composto solo da mafiosi, ma ebbe diverse anime e diverse adesioni. Certo, però, la componente mafiosa, o vicina alla mafia, era molto importante. D'altro canto, i mafiosi potevano vantare, paradossalmente, di essere stati "perseguitati" dal Fascismo, facendosene un merito, come se il problema fosse stato politico e non criminale. Il MIS ebbe un sviluppo molto ampio dal 1943 al 1947, sia per il seguito popolare, sia perché "i responsabili del governo militare di occupazione affidarono il 90% delle amministrazioni a politici separatisti", come denunciava la prima relazione della Commissione parlamentare antimafia del 1972 (Tranfaglia, p. 4).

La crescita del movimento non si limitò, tuttavia, al piano legale ed elettorale. Il MIS costituì persino un suo esercito, l'EVIS (Esercito volontario di indipendenza siciliana), nel quale militarono banditi e mafiosi di grosso calibro. Capo dell'EVIS fu Salvatore Giuliano, e fu proprio questi a provocare la fine dell'esperienza separatista, con la strage di Portella della Ginestra, una località vicino Palermo, dove, "il 1 maggio 1947, si erano radunati, secondo una vecchia tradizione, i lavoratori della zona per celebrare la festa del lavoro. In quella occasione, erano pervenuti nella località molti gruppi di lavoratori con le proprie famiglie ed era iniziato da poco il discorso del segretario socialista della zona quando, improvvisamente, dalle alture circostanti partirono i primi colpi di mitra. Ci fu un improvviso clamore, quasi di gioia, perché i più ritenevano che si trattasse di spari festosi. Poi le prime urla e quindi un confuso fuggire tra lamenti e pianti." (il racconto è ancora tratto dalla Relazione della commissione antimafia del 1972: Tranfaglia, p. 32). Vi furono 11 morti e 35 feriti.

L'orrore suscitato in tutta Italia dalla strage provocò una reazione decisa da parte dello Stato, come spesso sarebbe accaduto anche in seguito. Tuttavia, si decise di trovare una soluzione al problema non proprio onorevole. Si distinsero nettamente le responsabilità del bandito Giuliano da quelle dei politici del MIS e dei mafiosi. Si contrattò con la mafia la fine di Giuliano, che fu tradito da un suo luogotenente (Gaspare Pisciotta), ucciso e consegnato alla polizia. Dapprima si cercò di far passare la versione che Giuliano fosse morto in uno scontro a fuoco, ma, grazie anche ad alcune inchieste giornalistiche, si venne infine a sapere la verità.

Quando, un paio di anni dopo, Pisciotta cominciò a far intendere di essere disposto a rivelare alcuni scottanti retroscena, fu trovato morto nel carcere dell'Ucciardone, a Palermo, per aver bevuto un caffè alla stricnina.

Mafia, politica e affari. 1943-91, a cura di Nicola Tranfaglia, Bari, Laterza, 1992 - La Commissione Antimafia ha una storia molto lunga, essendo stata istituita per la prima volta nel 1963. Questo libro raccoglie una selezione dei brani più significativi delle sue relazioni e di altri documenti ufficiali (rapporti di polizia, estratti di sentenze). Il volume e' essenziale per la ricostruzione di alcune fasi della storia italiana, a partire dal Dopoguerra.