Nel corso dei 18 mesi dell'occupazione, le autorità sovietiche sterminarono la classe dirigente polacca, arrestarono e deportarono nei lager centinaia di migliaia di persone, dove la stragrande maggioranza morì di fame. Nella primavera del 1940 su ordine personale di Stalin e di altri dirigenti dell'URSS a Katyn e in altre località furono trucidati 15 ufficiali dell'esercito polacco e 7 mila altri prigionieri di guerra tra medici, studiosi, avvocati, ingegneri, cappellani ed insegnanti.

Orribile fu anche la vita dei cittadini polacchi sotto l'occupazione tedesca in modo particolare venivano perseguitate le elites. Le autorità tedesche chiusero università e scuole superiori, saccheggiarono e portarono in Germania i tesori della cultura polacca, mentre proseguivano gli arresti e le esecuzioni di massa. Gli occupanti organizzarono una rete di campi di concentramento, in cui prigionieri lavoravano come schiavi e dove furono trucidate centinaia di migliaia di persone. Nelle camere a gas installate nei campi di sterminio (Auschwitz, Majdanek, Treblinka) trovarono la morte circa 3 milioni di ebrei polacchi, nonché i polacchi e cittadini di altri Stati.

La sconfitta della campagna di settembre non soffocò la resistenza dei polacchi, si formò in esilio il governo polacco riconosciuto dagli Stati della coalizione antihitleriana e ne diventò primo ministro Wladyslaw Sikorski. Mentre nel Paese sorse l'Armata Nazionale (Armia Krajowa) e la rappresentanza del governo clandestina. Si svilupparono forme di insegnamento clandestino, venivano pubblicate centinaia di testate di stampa clandestina, si stampavano libri vietati.

Il governo in esilio sin dal 1940 cominciò a formare forze armate in Occidente, basti ricordare la partecipazione dei polacchi alla vittoriosa battaglia aerea dell'lnghilterra. Dopo l'attacco della Germania all'Unione Sovietica (giugno 1941), in seguito all'accordo polacco - sovietico, nell'URSS si formarono le forze armate polacche con a capo il generale Wladyslaw Anders. Quest'esercito, dopo l'evacuazione nel Medio Oriente avvenuta nel 1942, si rese famoso nelle lotte liberatrici in Italia (battaglia di Monte Cassino).

La controffensiva dell'Armata Rossa peggiorò la situazione della Polonia nei confronti dell'URSS, la quale nel 1943 ruppe i rapporti diplomatici con il governo polacco; i comunisti residenti nell'Unione Sovietica fondarono l'Unione dei Patrioti Polacchi ed iniziò a formarsi anche una divisione militare sotto i loro auspici.

Il 1943 fu un anno particolarmente tragico per la Polonia, in uma catastrofe aerea morì il primo ministro, generale Wladyslaw Sikorski, fu arrestato il commandante dell'Armata Nazionale Stefan Grot-Rowecki e in maggio nel ghetto di Varsavia scoppiò un'insurrezione, soffocata brutalmente dai tedeschi. Nel luglio 1944, dopo aver attraversato il fiume Bug, i sovietici istituirono il Comitato Polacco di Liberazione Nazionale (PKWN), sottomesso al regime.

L'ultimo tentativo di conquistarsi la piena indipendenza fu rappresentata dall'insurrezione di Varsavia, scoppiata il 1agosto 1944. La rivolta durò fino al 2 ottobre e vi persero la vita circa 17 mila insorti e 180 mila abitanti della capitale. Dopo la sconfitta dell'insurrezione i tedeschi cominciarono a radere al suolo la città. Durante l'insurrezione e poi anche durante la distruzione di Varsavia, l'Armata Rossa non intervenne.

Quando il 9 maggio 1945 cadde il Reich tedesco e si concluse la più sanguinosa guerra nella storia del mondo, la Polonia teoricamente si trovava fra i vincitori. Nei combattimenti e in seguito all’oppressione, il Paese perdette 6,5 milioni di cittadini, tra cui quasi tutti gli ebrei che vi abitavano. La capitale fu totalmente distrutta, le perdite materiali e culturali furono enormi. La Polonia uscì dalla guerra con un governo imposto dall'esterno e composto da uomini che non suscitavano alcuna fiducia fra il popolo.

Già nel 1944 il Comitato Polacco di Liberazione Nazionale stipulò con l'URSS un accordo sulla delimitazione della frontiera orientale della Polonia lungo la linea di Curzon, che fu confermato con il trattato del 16.08.1945. La Conferenza di Potsdam (Truman, Churchill, Stalin), svoltasi fra il 17.07 e il 2.08.1945, tracciò la frontiera occidentale della Polonia lungo la linea dei fiumi Odra e Nysa. La superficie della Polonia ammontava così a 312 mila kmq e la popolazione a 24 milioni (secondo il censimento del 1946). Lo spostamento del territorio dello Stato verso l'Ovest era legato alla deportazione della popolazione tedesca decisa alla Conferenza di Potsdam, nonchè al trasferimento di milioni di polacchi dai territori orientali perduti.

Il Governo Provvisorio di Unità Nazionale fu composto dai rappresentanti del Partito Operaio Polacco (PPR), del Partito Socialista Polacco (PPS) e del Partito dei Contadini (PSL), guidato da Stanislaw Mikolajczyk, vice primo ministro.

Tuttavia, il potere reale si trovava nelle mani del PPR comunista, il quale disponeva dell'esercito, dell'apparato di sicurezza e godeva dell'appoggio sovietico. Dopo la brutale liquidazione di residui di organizzazioni clandestine, il PSL fu disintegrato e i risultati delle elezioni parlamentali del 1947, falsati.

Il passo successivo fu la liquidazione del PPS tramite l'unificazione di questo partito e del PPR in una sola struttura denominata Partito Operaio Unificato Polacco (dicembre 1948), da quel momento il partito comunista aveva ormai il pieno monopolio del potere.